Câu lạc bộ được thành lập vào tháng 5 năm 1989 dưới sự hợp nhất của câu lạc bộ Wiltshire League Bemerton Athletic, câu lạc bộ cũ của Salisbury & Andover League là Moon and Bemerton Boys của Mid-Wilts League.[2] Câu lạc bộ mới được chấp nhận tham gia giải đấu Wessex league cho mùa giải 1989-90.[3] Mùa giải 1992-93, lần đầu tiên đội thi đấu ở Cúp FA, lọt vào vòng loại thứ ba.[3] Mùa giải này cũng chứng kiến ​​câu lạc bộ giành được Wiltshire Senior Cup, đánh bại Wollen Sports 3-1 trong trận chung kết,[4] cũng như cán đích ở vị trí thứ ba tại Wessex League.

Sau khi vô địch Wessex League Cup mùa giải 2009-10, Bemerton là á quân của Wessex League 2010-11, cũng giành Senior Cup lần thứ ba sau chiến thắng 2-0 trước Bradford Town. Trong mùa giải tiếp theo chứng kiến ​​đội cán đích với tư cách á quân giải đấu một lần nữa,[3] cũng như giành chức vô địch Hampshire FA's Russell Cotes Cup, đánh bại Christchurch 2-0 trong trận chung kết.[5]